魚類環境DNA監測，是通過采集游離在水體中的魚類DNA，經過富集、提取、擴增、測序等過程，并與數據庫比對，揭示水體中可能存在的魚類物種。環境DNA監測具有便捷、靈敏、對生物無害的特點，是傳統形態學調查方法的有益補充。

魚類環境DNA采樣和富集，難點在于抽濾富集效率不高，可采取多級過濾的方式，即濾棉、大孔徑濾膜和小孔徑濾膜逐級過濾，以提高抽濾效率；重點在于避免調查點位間及其他因素帶來的交叉污染，監測過程中，應采取必要措施，對前一個點位所使用的設備和耗材進行充分消殺，并防止交叉污染。